محمد قوچانی، گاهی اوقات آنقدر متضاد می نویسد که آدمی از یافتن ارتباط فکری بین مقاله هایش و درک خط و ربط او در می ماند. گاهی هم برای تفهیم مطالعات جانبی بیشمارش به خواننده، آنقدر کلاف موضوعات و مفاهیم را پیچیده می کند، که خودش در بازکردن آن در می ماند. او در مقاله اخیرش در باب نقد روشنفکری دینی پس از تقسیم روشنفکران به سه طیف از فرزندان فکری بازرگان چنین می نویسد:
"... روشنفکری دینی ] در ایران[ به عنوان مکتبی فکری بر پیش فرضی نادرست بنا شده است. در واقع بازخوانی نادرست تاریخ غرب بهخصوص اروپا، ایرانیان را در سده اخیر با این توهم روبهرو ساخته که هرگونه اصلاح سیاسی موکول به اصلاح دینی است، همان گونه که در اروپا چنین بود"
اولا معلوم نیست چرا جناب قوچانی، مرجع روشنفکران دینی در ایران، یعنی کنشگران سیاسی و اجتماعی که بیشتر از طبقه متوسط و متدین جامعه هستند را فراموش می کند. مخاطبانی که برای هر کار خود به دنبال "حجت" شرعی اند و نگاهشان به جامعه و سیاست از منظر دین صورت می پذیرد.
ثانیا آیا اصلاح نظامی که خود را مبتنی بر گزاره های دینی می داند و در تمام امورات روزمره جامعه و حکومت به دنبال حاکمیت دین (ولو با قرائتی که حاکم شده است) می باشد، جز از طریق اصلاح (قرائت) دینی ممکن است؟ مگر جز این است که تمامی قوانین در ایران باید از منظر تعارض نداشتن با آموزه های دینی، البته با نظر اجتهادی اعضای شورای نگهبان، مورد بازبینی قرار گیرند؟ آیا قوانین مربوط به تغییرات و اصلاحات ساختاری و توسعه ای در ایران از این قاعده تبعیت نمی کنند؟ آشکار تر از این امر چیزی هست که در باره آن به دنبال پیچیدگی باشیم؟
به رفتار سیاستمداران امروز ایرانی نگاه کنید که چگونه در انظار مردم، به دنبال کسب مشروعیت دینی برای قول و فعل خویش هستند.
جناب قوچانی! شما را چه شده! شما در ایران زندگی می کنید یا جایی دیگر؟ آیا نظرات خود را برای خلاء طرح می کنید؟
